E’ stata istituita con il decreto legislativo n. 281/97 che ne definisce la composizione, i compiti e le modalità organizzative ed operative ed è costituita dalla Conferenza permanente per i rapporti tra lo Stato, le Regioni e le Province autonome e dalla Conferenza Stato-Città ed autonomie locali che si riunisce almeno due volte mese. Partecipa ai processi decisionali che coinvolgono materie di competenza dello Stato e delle Regioni, al fine di favorire la cooperazione tra l'attività statale e il sistema delle autonomie, esaminando le materie e i compiti di comune interesse, svolgendo anche funzioni consultive. E’ presieduta dal Presidente del Consiglio dei Ministri o, su sua delega, dal Ministro per gli Affari Regionali ove nominato; ne fanno parte il Ministro dell’economia e finanze, il Ministro delle infrastrutture, il Ministro della salute, il Presidente della Conferenza delle Regioni e Province autonome, il Presidente dell’ANCI, il Presidente dell’UPI. La Conferenza rappresenta la sede in cui Regioni, Province e Comuni “sono chiamate a esprimersi” su tematiche di interesse comune e assume deliberazioni, promuove e sancisce intese e accordi, esprime pareri e designa rappresentanti.
In ossequio a quanto previsto dalla legge 28 dicembre 2015 n.208, le funzioni di Segreteria tecnica della soppressa Commissione tecnica paritetica per l’attuazione del federalismo fiscale, sono svolte dall'Ufficio per il Coordinamento delle attività di segreteria della Conferenza permanente per i rapporti tra lo Stato, le Regioni e le Province autonome di Trento e Bolzano.